Scatenare il genoma della tigre (gambero) potrebbe aiutare il futuro stock di allevamento

I ricercatori della James Cook University hanno preso parte al primo tentativo riuscito di mappare il genoma di un’iconica specie di frutti di mare australiana – quella del gambero tigre nero australiano – che potrebbe portare a stock d’allevamento più grandi e più resistenti alle malattie in futuro.

Il professore di acquacoltura della JCU Dean Jerry ha affermato che la ricerca è nata dall’ARC Industrial Transformation Research Hub for Advanced Breeding, una collaborazione tra JCU, Australian Genome Research Facility (AGRF), l’Università di Sydney, CSIRO e Seafarms Group. La partnership mirava a migliorare la produttività e l’efficienza degli allevamenti di gamberi attraverso l’uso della selezione genetica.

“L’idea era quella di migliorare la capacità degli allevatori di gamberi australiani di applicare pratiche di allevamento selettivo per produrre gamberi d’allevamento più grandi e più sani. Come parte di questo progetto, abbiamo deciso di sequenziare il genoma del gambero tigre nero. Le informazioni nel genoma sono importanti per noi, in quanto contengono essenzialmente il progetto che determina la composizione e il comportamento del gambero”, ha affermato il professor Jerry.

Ha detto che uno dei vantaggi dell’avere questo genoma è che può aiutare in modo significativo gli sforzi di riproduzione selettiva dei gamberi, in modo simile a quanto è successo con il bestiame e le specie coltivate negli ultimi migliaia di anni.

“Il gambero è un animale minuscolo, ma il suo genoma è grande quasi quanto un essere umano ed è molto più complicato nella sua struttura”, ha affermato il professor Jerry.

Il dottor Kenneth Chan, responsabile della bioinformatica di AGRF, ha affermato che il processo di mappatura genetica per ricostruire il genoma del gambero tigre nero è stato diabolicamente complicato.

“Immaginate il compito di mettere insieme un puzzle a doppia faccia da 1,9 miliardi di pezzi senza bordi, lunghe sezioni sovrapposte ripetute, milioni di pezzi mancanti, più pezzi che possono stare nello stesso posto, nessuna immagine sulla scatola da seguire e possibilmente molti di pezzi di un altro puzzle non correlato”, ha detto il dottor Chan.

Gli scienziati hanno anche scoperto qualcosa di molto insolito nel modo in cui il gambero tigre ha combattuto le infezioni virali.

Il dottor Nick Wade, ricercatore senior del CSIRO, ha spiegato che gli elementi virali nel genoma che aiutano a combattere le infezioni virali (noti come Endogenous Viral Element o EVE) sono davvero unici nel gambero tigre australiano.

“Nessun EVE trovato in nessun altro animale assomiglia a questo”, ha detto il dottor Wade.

“La scoperta di questo EVE consente ulteriori ricerche per comprendere come i gamberi affrontano le infezioni da virus e forse nuove terapie che possono essere applicate per rendere i gamberi più resistenti alle malattie virali”, ha affermato.

Il professor Jerry ha affermato che i vantaggi della mappatura del genoma arriveranno in tutta una serie di aree complementari.

“Cambia radicalmente il panorama per la ricerca sui gamberetti, consentendo un’intera suite di altri studi biologici funzionali, incluso su come mirare a geni particolari per risultati di selezione migliori, fino all’ingegneria del genoma di precisione”, ha affermato il professor Jerry.

Riferimento: Huerlimann R, Cowley JA, Wade NM, et al. L’assemblaggio del genoma del gambero tigre nero australiano (Penaeus monodon) rivela una nuova sequenza frammentata di IHHNV EVE. G3. Pubblicato online il 10 febbraio 2022: jkac034. doi:10.1093/g3journal/jkac034

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