Utilizzo di MPRA per determinare i collegamenti tra varianti genetiche e fenotipi umani

Credito: Pixabay/CC0 di dominio pubblico

Un team di ricercatori della Stanford University ha trovato un sottoinsieme significativo di siti regolatori indipendenti dagli alleli che hanno molteplici varianti causali nel disequilibrio del collegamento. Nel loro articolo pubblicato sulla rivista Scienzail gruppo descrive come hanno applicato un test di reporter in modo massiccio (MPRA) ad alcune parti del genoma umano per cercare collegamenti tra varianti genetiche e determinati fenotipi umani.

Da molti anni gli scienziati studiano il genoma umano alla ricerca delle varianti (errori) che portano a determinate malattie genetiche, come la sclerosi multipla. In tal modo, hanno scoperto che in molti casi non è solo un gene che è andato storto, ma una combinazione di geni. Per determinare quali geni possono essere collegati a una determinata malattia, gli scienziati hanno sviluppato studi di associazione sull’intero genoma. E sebbene tali studi siano stati fruttuosi, non hanno portato a un mezzo per rintracciare tutte le varianti responsabili di una determinata malattia.

Nell’ambito di tale lavoro, gli scienziati hanno iniziato a definire determinati gruppi o regioni in un genoma che possono essere statisticamente associati a un determinato fenotipo. La mappatura di tali loci dei tratti quantitativi (QTL) in varianti genetiche causali è rimasto un problema difficile a causa della spaziatura ristretta in tali regioni. Per saperne di più sui possibili collegamenti tra varianti e fenotipi, i ricercatori in questo nuovo sforzo hanno applicato un MPRA al problema.

Gli MPRA sono strumenti di analisi genetica a livello molecolare che sono stati sviluppati per schermare migliaia di sequenze genetiche e le loro varianti in un’unica prova. I ricercatori hanno scoperto che circa il 17,7% dei siti regolatori indipendenti dagli alleli che hanno esaminato aveva più di una singola variante causale. Hanno anche scoperto che tali effetti varianti erano spesso più deboli di quanto la ricerca precedente avesse suggerito che sarebbero stati, una scoperta che suggerisce che le basi di un dato fenotipo potrebbero essere dovute a diverse varianti genetiche causali collegate. I ricercatori hanno anche utilizzato i dati dell’MPRA per ridurre il numero di varianti causali che probabilmente contribuiscono a una serie di malattie umane come l’IBF, la sclerosi multipla e l’asma. Concludono suggerendo che il loro lavoro e altri studi simili stanno anche aiutando a trovare varianti più rare.


Lo studio basato sulla popolazione rivela forti legami genetici con molteplici malattie e tratti cardiometabolici


Maggiori informazioni:
Nathan S. Abell et al, Molteplici varianti causali sono alla base delle associazioni genetiche negli esseri umani, Scienza (2022). DOI: 10.1126/science.abj5117

© 2022 Scienza X Rete

Citazione: Utilizzo di MPRA per determinare i collegamenti tra varianti genetiche e fenotipi umani (2022, 18 marzo) recuperato il 18 marzo 2022 da https://medicalxpress.com/news/2022-03-mpra-links-genetic-variants-human.html

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